La génesis del Hospital Universitario se remonta al año 1994, bajo el ambicioso Proyecto UNI-Sucre. Este proyecto fue diseñado y financiado por la prestigiosa Fundación Kellogg, estableciendo un modelo de gestión basado en tres pilares fundamentales: Academia, Servicios y Comunidad.

En 1996, la institución inició formalmente sus actividades centrándose en la extensión universitaria, el fortalecimiento de los servicios de salud locales y el desarrollo de liderazgos comunitarios.

Tras una etapa de planificación y equipamiento, el Hospital comenzó a ofrecer servicios de atención médica directa a la población de Sucre en el año 2005.

Un hito administrativo decisivo ocurrió el 4 de noviembre de 2010. En esta fecha, el Directorio determinó la dependencia administrativa directa de la institución hacia la Universidad Mayor, Real y Pontificia de San Francisco Xavier de Chuquisaca. A partir de este momento, se consolidó como una institución pública prestadora de servicios de salud de Segundo Nivel. 

En la actualidad, el Hospital Universitario San Francisco Xavier ostenta un título de distinción nacional: es el único hospital del país que depende directamente de una universidad estatal.

Su estructura organizacional está diseñada para cumplir un cuádruple propósito:

• Asistencial: Brindar servicios de salud con calidad y calidez a toda la población sin distinción.

• Docente: Ser el centro de formación práctica para estudiantes de pregrado y posgrado de las carreras de Ciencias de la Salud de la USFX.

• Investigación: Desarrollar conocimiento científico basado en el perfil epidemiológico y social de la región.

• Interacción Social: Proyectar la universidad hacia su pueblo mediante programas comunitarios y salud familiar.

Hoy, el Hospital no solo resuelve problemas de salud general, sino que ha evolucionado hacia servicios de alta especialidad. Cuenta con unidades de vanguardia como el Centro de Hemodiálisis, la unidad de Trasplante Multiorgánico, y servicios avanzados de Gastroenterología Terapéutica e Imagenología digitalizada de última generación.

Bajo la visión de «Contribuir a la salud de la población», el hospital se encuentra en un proceso continuo de acreditación institucional, asegurando que el prestigio histórico de la Universidad se traduzca en una atención médica de excelencia para cada paciente.